縄文時代の中期になると、人々は主食のどんぐりのあくをぬいたり、料理するために、火を使うようになりました。

また、食べられる植物のさいばいも始まりました。

たとえば青森県で発見された三内丸山いせき(5500?4000前のいせき)では、ごみ捨て場だったと思われるところから、大量のクリが見つかっています。

そのDNAを分せきしたところ、クリをさいばいしたことが明らかになっています。

そのほか、クルミやトチ、ヤマブドウ・キイチゴ・サルナシ・ヤマグワ、ヒョウタン・マメ・ゴボウ・アサ・エゴマ・ヒエなどをさいばいし、食料としていたこともわかっています。

このように縄文時代の中期には、人が自然に手を加えて管理する里山の原型ができていたと考えられます。